История

В 1842 году, в Таллине, было учреждено балтийско-немецкое научное общество- общество Эстонской литературы (ОЭЛ),  одной из целей которого было создание музея.

В результате двадцатилетнего пополнения коллекций предметами искусства и природоведческих коллекций, в 1864 году в здании Канути гильдии был открыт провинциальный музей (ОЭЛ).

 В основном, благодаря дарам музею, число экспонатов, связанных с природой, быстро росло. После выбора президента ОЭЛ в 1872 году, настоящего любителя природы, господина Александра вон Палена (Aleksander von Pahlen), число единиц хранения музея ещё больше возросло. По инициативе  Александра вон Палена и геологов Александра Кейсерлинга (Aleksander Keyserling) и Фридриха Шмидта (Friedrich Schmidt), была создана секция по исследованию природы родного края. Если раньше использовали арендованную площадь для хранения и экспонирования коллекций, то в 1911 году переехали в новый дом, купленный на улице Кохту (Kohtu). Благодаря этому деятельность музея заметно оживилась. Проводимые в Эстонии, в провинциальной секции естествознания, научные работы с коллекциями музея, связанными с природоведением, были на таком высоком научном уровне, особенно, геологические исследования, что вызвали большой интерес так же и заграницей.

Провинциальный музей с балтийско - немецкими корнями и в Эстонской республике сохранил свои коллекции и важную позицию, с большим научным потенциалом. Число природоведческих коллекций непрерывно росло. С 1920 года часть музея, связанная с природой, стала носить имя ОЭЛ секции. Это указывало на расширение области этой темы на территории Эстонии и  на ценнейшие в мире научные коллекции.

После того, как Эстония была присоединена к Советскому Союзу, музей национализировали. 1 января 1941 года был создан природоведческий музей Эстонской Советской Республики для сохранения природоведческих коллекций .

Из коллекций провинциального музея были привезены свыше 19 500 геологических, - 55 500 ботанических, - и 15 000 зоологических единиц хранения коллекций.

Из упомянутых коллекций большую ценность представляют уцелевшие в музее коллекции чучел птиц Г.А вон Рауха. На должность первого научного работника и на исполнителя должности руководителя выбрали зоолога Эрика-Мадиса Кумари (Eerik-Madis Kumari). В 1942 году в результате бомбардирования было уничтожено свыше 10 000 единиц хранения Провинциального музея. В 1945 году, по указу директора Айно Кумари, был начат ремонт в доме по адресу Лай 29 А. Первые части экспозиции были открыты 23 февраля 1946 года. С этого времени музей был открыт по прежнему  адресу и для услуг посетителей.